一般植物的种子由种皮、胚和胚乳3个部分组成。种皮是种子的铠甲，起着保护种子的作用。胚是种子最重要的部分，可以发育成植物的根、茎和叶、胚乳是种子集中养料的地方。
种皮
种皮由珠被发育而来，具保护胚与胚乳的功能。被子植物的种皮结构多种多样，如花生等种子外面有坚硬的果皮，因而种皮结构简单，薄如纸状；小麦、玉米、水稻、莴苣的种子，果皮与种皮愈合，种子成熟时种皮被挤压而紧贴于果皮的内层。种皮的结构与种子休眠密切相关。有的植物种皮中含有萌发抑制剂，因此除掉这类植物种皮，对种子萌发有刺激效应。
胚
胚由受精卵发育形成。发育完全的胚由胚芽、胚轴、子叶和胚根组成。
胚芽位于胚的顶端，是未来植物茎叶系统的原始体，将来发育成为植物的地上部分。胚轴位于胚芽和胚根之间，并与子叶相连，以后形成根茎相连的部分。胚根位于胚轴之下，呈圆锥状，是种子内主根的雏型，将来可发育成植物的主根，也是最先从破裂的种子皮中长出来，并形成植株的根系。子叶是胚的叶，或者说，是暂时的叶，一般为1或2片，位于胚轴的侧方。被子植物中，胚具1片子叶的，称单子叶植物（它的营养主要来自胚乳）。具2片子叶的，称双子叶植物（它的营养主要来自子叶）。裸子植物的胚具有多个子叶，如松属具子叶3～18枚。胚乳
胚乳由受精极核发育形成。胚乳是种子内储藏营养物质的组织，富含淀粉、脂肪和蛋白质。根据种子里面有无胚乳的情况。分为有胚乳种子及无胚乳种子两类。在无胚乳的种子中，在种子形成的早期，胚乳中的营养物质被胚吸收转移到子叶里贮藏起来，因此种子成熟后胚乳消失，子叶特别肥厚，如花生种子，由于胚在发育过程中，将种子的胚乳吸尽，所以种子内不存在胚乳(由子叶起着胚乳的作用)。