花青素是决定植物花颜色的重要色素之一。花青素是一类水溶性的色素，存在于植物表皮细胞的液泡中，呈现橙色、红色至蓝色。以花青素为主要色素的花色从橙色到红、紫、蓝、黑色，显现出十分广泛的色系，这在很大程度上是由于花青素化学结构上的微小差别，或者化学结构虽然相同，但由于溶液的物理或化学条件不同也会产生色调的变化。
不同色泽的康乃馨
不同色泽的康乃馨（Yoshihiro Ozeki,et al.Scientia Horticulturae.2013）
花青素合成后会进行分子修饰形成稳定的物质，其修饰类型包括糖基化、酰基化和甲基化。
液泡的pH值是影响花青素颜色的重要因素之一。
共色作用是指类黄酮及其它有关共色素化合物与花青素结合在一起而呈现增色效应及红移，产生从紫色到蓝色的色系。
金属络合物可以使花色偏蓝。
花瓣的形状会影响光线，导致我们实际看到的花色并不是细胞内色素的直接反应。具有圆锥形突起的花瓣细胞可以吸收较多的光线，而使色泽变深。
紫色的花菖蒲
如花菖蒲的紫色不仅与花色素的含量有关，还受外花被表皮细胞的长度和排列顺序的影响。
金鱼草颜色深钱
通过扫描电镜和组织解剖的研究发现，深色金鱼草的花冠裂片表皮细胞呈圆锥突起，而浅色的变种则呈扁平状。
